本学の大学院は、建学の精神に則り、国際的視野を持った豊かな学識及び人間性を養い、専門分野において培った高度な研究能力を基に、生涯にわたり医学・医療の進展に寄与する研究者・医師を育成することを教育理念としています。
大学院医学研究科博士課程は形態学系、機能学系、社会医学系、内科学系、外科学系の5学系からなり、この5学系は基礎系専門分野（形態学系、機能学系、社会医学系〔リハビリテーション科学を除く〕）と、臨床系専門分野（内科学系、外科学系）の2系統に大別されています。基礎系専門分野は学部卒業直後に入学できますが、臨床系専門分野は原則として臨床研修修了後の入学となります。博士課程の修業年限は4年。大学院生は前半の2年間は主に研究者養成のための基本的および専門的教育を受け、後半の2年間は研究課題に即した自主的研究を行い、論文を作成します。
医学研究科博士課程
| 形態学系 |
| 生体構築学 |
病理学 |
| 機能学系 |
| 統合神経生理学 |
生化学 |
| 薬理学 |
微生物学 |
| 社会医学系 |
| 公衆衛生学 |
法医学 |
| リハビリテーション科学 |
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| 内科学系 |
| 総合内科学（各領域は○のとおり） |
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| ○内科学（心臓・血管） |
○内科学（消化器） |
| ○内科学（血液・腫瘍） |
○内科学（腎臓・高血圧） |
| ○内科学（神経） |
○内科学（内分泌代謝） |
| ○内科学（呼吸器・アレルギー） |
○内科学（リウマチ・膠原病） |
| 精神神経科学 |
小児科学 |
| 皮膚科学 |
放射線医学 |
| ゲノム診断・臨床検査医学 |
病理診断学 |
| 総合診療医学 |
先端内科学（埼玉医療センター） |
| 医工学（日光医療センター） |
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| 外科学系 |
| 総合外科学（各領域は○のとおり） |
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| ○腫瘍外科学 |
○下部消化管外科学 |
| ○消化器外科学 |
○心臓・血管外科学 |
| ○呼吸器外科学 |
○小児外科学 |
| ○乳腺・内分泌外科学 |
脳神経外科学 |
| 整形外科学 |
泌尿器外科学・男性科学 |
| 眼科学 |
耳鼻咽喉・頭頸部外科学 |
| 産科婦人科学 |
形成再建外科学 |
| 救急・集中治療医学 |
麻酔・疼痛学 |
| 口腔外科学 |
先端外科学（埼玉医療センター） |